Все время забываю, решил записать.
Автозагрузка приложения в windows 2012 r2, через аналогичный клиентским версиям windows механизм папки с ярлыками. В эту папку надо конечно вручную попасть, тк привычного хода и меню в серверной не предусмотрено
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\StartUp
ну или под каждого пользователя отдельно
C:\Users\профиль пользователя\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Само собой никто не отменял и прочие способы автозапуска, но этот как самый простой и наглядный особенно для временных или клиентских каких то софтин очень хорошо подходит.